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無人島的考試結束後，綾小路清隆他們一年D班的學生在豪華客輪上享受著暑假。然而這只是短暫的休息，新的考試很快就展開。綾小路和輕井澤惠等人被叫到同一個房間，接受考試說明。沒想到這次考試完全跳脫班級框架。

「思考」考試的第一天結束。就在綾小路和平田等人為了打破膠著狀況而聚在一起討論時，他們的手提電話收到一封電郵。堀北看到電郵內容後，深感不悅。另一方面，綾小路覺得輕井澤的行動有異，於是向堀北打探她的情報。

綾小路意外目擊到C班女同學欺凌輕井澤。幸村本想衝出去幫她，卻被綾小路阻止。他看見輕井澤的反應後，似乎有甚麼想法。綾小路設計讓真鍋等人欺凌輕井澤，藉著讓她瀕臨崩潰，正視自己的弱點，進而為自己所用。雙方就這樣達成合作關係，綾小路負責保護輕井澤，而她會依照綾小路的指示行事。在下次小組討論時，綾小路來到討論室，巧遇一之瀨。兩人說了幾句話後，小組成員也逐漸到齊，一行人開始討論。B班的濱口建議「互看電話訊息，找出小組的『優待者』，取得所有人平等的勝利」。然而要是有人搶先，在規定時間前先傳答案給學校，就能獲得龐大的點數。當所有人都猶豫是否該冒這麼大的風險時，綾小路第一個答應，卻被一之瀨揪出其中有詐。考試結果出爐後，C班竟大獲全勝。

第二學期開學，進入運動會準備期間。由於比賽成績無論好壞，都會影響下次筆試分數，學生們明顯慌亂不已。加上分組方式獨特，又讓學生自己挑選參賽者，壓在學生們身上的壓力也非比尋常地大……

綾小路對櫛田產生疑慮。他以偵查別班為名目，把櫛田約出來跟堀北見面。此時堀北採取了出乎意料的行動。運動會當天，由於堀北和須藤大顯身手，紅隊一開始就取得優勢，但綾小路卻只是冷眼看待一切。

須藤與D班同學起衝突，就這麼憤而離去，堀北追了上去。她叫住須藤，試圖與他溝通。儘管受到須藤強烈反彈，堀北還是很有耐心地面對他。

學生會長交接儀式結束後，綾小路被佐藤叫過去。此時期中考的結果公布，D班成功達成無人退學的目標。但茶柱卻說重頭戲是被視為期末考的特別考試，通稱「考卷置換」。

D班召開應付考卷置換的讀書會，綾小路被分配到以幸村為中心的小組。同組的長谷部、三宅這對拍檔擅長的科目和不擅長的科目都相同，視乎考試題目，兩人可能會一起完蛋。但綾小路卻說有辦法可以找出出題傾向

在考卷置換的檯面下，展開了櫛田和堀北以退學為賭注的競賽。另一方面，龍園出現在正參加著讀書會的綾小路面前，詢問自己傳送出的郵件的事，但是

聖誕節即將到來，學生們都滿心期待，享受著街上的聖誕節氣氛，輕井澤也是其中之一。但她放學後和佐藤一起閒逛時，卻發現有C班的人在跟蹤她。而且綾小路在讀書會時，也受到別人監視…

輕井澤和綾小路的關係突然解除，完全失去和他的交集後，輕井澤的心慌表露無遺。此時，正當D班討論往後的方針，龍園等C班的學生狂妄地現身。

龍園為了揪出幕後主使的真面目，囚禁輕井澤並對她施壓。被欺凌的記憶重回輕井澤的腦海——為了將輕井澤逼至絕境，龍園更挑明了幕後主使根本是在利用她。即使如此，輕井澤還是繼續隱瞞幕後主使的真實身分其實是綾小路。

經過這次事件，輕井澤察覺到自己內心有了巨大變化。此時，佐藤來找她商量聖誕節和綾小路約會的細節。輕井澤抱著複雜的心思，努力且認真地回應佐藤，但……